創建年代は不明だが、正和年間(1312年～1316年)に、それまで南向塚の頂上と若宮の2か所に鎮座していたと伝えられる。天正年間(1532年～1554年)に戦火にかかり焼失したので一社に合併して現在地に建立された。かつては諏訪社としてあったが明治13年(1880年)11月17日に芋井神社となる。旧古牧村のうち旧南高田村の産土神でもあった。(神社境内立札参照)
尚、芋井神社の名称の由来は、古代水内郡芋井郷(旧芋井村以外の三輪、中御所、安茂里あたりも含む広い地域)の名称にあやかったという記録がある。